Jedným z hlavných cieľov projektu Rosetta je predpovedať tvar proteínov, ktoré sa vyskytujú v prírode. Proteíny (bielkoviny) sú veľké molekuly zložené z malých stavebných blokov - aminokyselín, a častokrát sú nazývané "reťazce". Aminokyseliny sa dajú predstaviť ako ohnivká v tejto reťazi/reťazci. Pre lepšie pochopenie si uveďme nasledujúcu analógiu. Ak si predstavíme obyčajnú železnú reťaz, tak tá môže mať veľké množstvo rôznych tvarov závisiac od síl, ktoré na ňu budú pôsobiť. Ak napríklad reťaz potiahnete, narovná sa do priamej línie, a keď ju hodíte na zem, nadobudne vždy jedinečný tvar. Na rozdiel od železnej reťaze, ktorú tvoria identické železné ohnivká, proteíny sú tvorené dvadsiatimi rôznymi aminokyselinami, z ktorých každá má svoje osobitné vlastnosti (napr. rôzny tvar, či príťažlivé a odpudivé sily), ktoré dohromady vytvárajú sily, ktoré primäjú proteín k tomu, aby nadobudol jedinečný a špecifický tvar. Tento tvar je daný poradím, v akom sú zoradené jednotlivé aminokyseliny v proteíne. V prírode existuje veľké množstvo proteínov s veľmi rôznym počtom aminokyselín a ich zoradením.